O programa de Conservação de Espécies Ameaçadas, por sua vez, busca a colaboração de pesquizadores para avaliar o estado de ameaça das espécies e o resultado das ações de conservação implementadas.

O ICMBio formenta e executa pesquisas e programas de conservação de espécies, em particular daquelas ameaçadas de extinção e que precisam ser conservadas. Um exemplo é o Programa Gestão do Conhecimento que apóia a realização de pesquisa sobre as unidades de conservação e a biodiversidade em parceria com a comunidade científica.